Virgen de Itatí, que se venera en el santuario de la localidad homónima, surgió luego de que el franciscano Luis de Bolaños llevara a esta imagen de la Virgen en 1589 a su lugar actual. La imagen está tallada en timbó y el rostro en nogal; el nombre de la Pura y Limpia Concepción de Itatí viene de la lengua guaraní «ita», roca, y «tí «, blanca, o sea, “piedra blanca”, por los yacimientos de cal que estaban junto al arroyo Caleria.
Luego de que la Virgen de Itatí fuera traída de la reducción de Ciudad Real, provincia de Guayrá, los franciscanos la llevaron consigo hacia el sur, a Guayrá, debido a los constantes ataques de los indígenas. En ese lugar levantaron un oratorio y colocaron a la Virgen, pero un ataque de aborígenes hostiles destruyó el lugar y la imagen de la Virgen Inmaculada desapareció.
Según la tradición la imagen habría sido encontrada en el curso del alto Paraná, no lejos del puerto de Santa Ana, por un grupo de indios. Estos vieron a la Virgen Inmaculada sobre una piedra rodeada de una luz muy brillante y acompañada de una música sobrenatural. Fray Luis Gámez ordenó el inmediato traslado de la figura a la reducción, pero la imagen volvió a desaparecer en dos ocasiones, retornando a su lugar cerca del río.
Los religiosos comprendieron cuál era la voluntad de la Santa Madre, y se dispuso el traslado del asentamiento a esos parajes. En 1615 (1580 según otras versiones) el puerto de Santa Ana quedó abandonado, y fray Luis de Bolaños fundó la nueva reducción a la que da el nombre de «Pueblo de Indios de la Pura y Limpia Concepción de Nuestra Señora de Itatí». Con el tiempo, el lugar comenzó a conocerse simplemente como Itatí, y fray Luis de Gamarra, párroco del lugar, fue el primero en dar a conocer los milagros de la Virgen.
Cuando Fray Luis de Gamarra era párroco del lugar, en la Semana Santa de 1624, sucedió la primera transfiguración del rostro de la Virgen.
“Se produjo una extraordinaria mudanza del rostro y estaba tan linda y hermosa que jamás tal la había visto”, dijo el P. Gamarra.
La transfiguración duró varios días y se repitió varias veces en los años siguientes. Además se escuchó en más de una ocasión, la misma música que oyeron los indios cuando la encontraron en plena selva.
A partir de entonces, sucedieron curaciones y milagros. El más significativo fue en 1748 cuando los indios abipones intentaron atacar el pueblo. Al llegar a sus puertas se abrió en la tierra una gigantesca grieta que les impidió seguir avanzando. Entonces, huyeron despavoridos mientras los habitantes de Itatí acudían a la iglesia para dar gracias frente a la imagen.
En 1768 Fray José Antonio de Acosta construyó el sexto templo a orillas del río Paraná, donde hoy se encuentra la basílica y el Museo de Arte Sacro.
El 16 de julio de 1900 el Papa León XIII mandó coronar a la Virgen de Itatí. La ceremonia fue presidida por su delegado y Obispo de Paraná de ese entonces, Mons. Rosendo de la Lastra y Gordillo. La corona fue concebida como una joya al estilo de las coronas imperiales del Renacimiento, en oro, con incrustaciones, de amatistas y topacios de gran tamaño y dibujos de artística expresión.
El 3 de febrero de 1910, el Papa Pío X creó la diócesis de Corrientes, y el 23 de Abril de 1918, la Virgen de Itatí fue proclamada su patrona y protectora.
